舟山市检察院下辖四个基层院：定海区检察院、普陀区检察院、岱山县检察院和嵊泗县检察院。经内设机构改革，舟山市检察院现有内设机构14个，具体为：办公室、组织人事处、宣传教育处、第一检察部、第二检察部、第三检察部、第四检察部、第五检察部、第六检察部、第七检察部、法律政策研究室、案件管理办公室、检务督察处、检务保障处。全市派驻基层检察室4个，具体为：舟山市检察院驻普陀山检察室，定海区检察院驻金塘检察室，普陀区检察院驻六横检察室，岱山县检察院驻衢山检察室。

近来年，市检察院在市委和省检察院的有力领导下，以习近平中国特色社会主义思想为指引，深入贯彻习近平法治思想，围绕市委打好“五大会战”、建设“四个舟山”，争当高质量发展建设共同富裕示范区先行市重大部署，坚持“特色发展、质效为要”，依法履行各项检察职能，为奋力谱写舟山高质量发展新篇章贡献检察力量，各项工作迈上新台阶。涌现出“全国检察机关‘文明接待室’”“全国检察未检业务能手”“全国维护妇女儿童权益先进个人”“全省先进基层检察院”“浙江省劳动模范”等先进集体和个人，多个案件获评全国检察机关专项监督典型案例、全省检察机关精品案例。